1992年，罹患血癌的留美華裔準博士生溫文玲小姐，回臺灣尋求骨髓配對，然而當時臺灣器官捐贈法令限制骨髓移植必須在三等親以內，她專程返臺請願。由於慈濟從事慈善工作多年，常遇此類個案，而溫小姐返臺請願，再度啟發證嚴上人對此事的關心。1993年5月立法院通過「人體器官移植條例」修正案，開放非親屬間的骨髓捐贈。鑑於打開捐髓風氣不易及骨髓資料庫耗資龐大，醫界人士及專家學者便公推由具公信力及號召力的佛教慈濟基金會來統籌。
信心及悲心 成就骨髓捐贈資料庫
上人因為相信醫療科學並親眼見證一成功個案，確認了「捐髓救人，無損己身」，以及不忍血液疾病患者在生死邊緣中徘徊的悲心，義無反顧推動骨髓捐贈；更在衛生署及各大醫學中心籲請下，慈濟於1993年10月20日成立「臺灣骨髓捐贈資料中心」。
在慈濟志工全力宣導及熱烈參與下，有許多社會上的善心民眾加入骨髓捐贈驗血的行列。每一對案例都是慈濟志工由一路勸髓、捐髓、陪髓、抽髓、取髓程程髓緣、層層因緣在在都顯示了臺灣的愛心密度之高，這些具備大愛胸懷的捐贈者，帶著堅定的勇氣與毅力，成就這一番生命交融的美麗相遇。
本中心於1997年設立免疫基因實驗室，致力提升國內白血球抗原 檢驗水準，配備有最先進的儀器設備並投注龐大的人力與資金於人類免疫基因組織類型(HLA)的檢驗技術研發。為帶動造血幹細胞移植作業達國際水準，本中心於2002年4月30日正式改制為「慈濟骨髓幹細胞中心」，並依衛生署建議，申請為非營利醫療機構，下轄免疫基因實驗室、臍帶血庫、臨床醫學暨研究組、捐贈活動暨關懷組、資料庫暨行政組等五個部門。
骨髓、臍帶血及週邊血等移植方式為血液疾病病人救命之三大機會
目前幹細胞研究已是全球醫界研究主流。所謂幹細胞（Stem Cells）是指一群在胚胎發育早期尚未分化的細胞，理論上具有無限制分裂能力，可分化成特定組織，例如運輸氧氣的紅血球、幫助凝血的血小板、抵抗感染的白血球、產生抗體的淋巴球及治療用所需的細胞等。就血液疾病而言，骨髓、臍帶血及週邊血等造血幹細胞移植方式為血液疾病病人救命之三大機會。
骨髓幹細胞中心除持續維持骨髓資料庫的成長外，也積極加強臍帶血及週邊血之收集，及各項相關軟硬體設施，並培養專業品管人員。
為提供血液疾病患者更多元的生存希望，1999年成立慈濟臍帶血庫。臍帶血庫負責人楊國梁表示，臍帶血除了可輔助骨髓資料庫作為移植上的使用，增加病患找到移植的機會外，另一發展方向則是可應用在培養和擴增幹細胞方面，以作為臨床醫學及研究之用。
週邊血幹細胞捐贈
2002年10月，衛生署將非親屬週邊血移植列為常規治療後，帶給了血液疾病患者另一個重生的希望。
「骨髓移植」是指從臀部上方的腸骨處，抽取出可分化為各種血液細胞的造血幹細胞；而「週邊血移植」則是藉注射入「顆粒球群落生長因子」（Granulocyte Colony-Stimulating Factor ,G-CSF），簡稱「生長激素」，讓骨頭裡的造血幹細胞大量釋放到血液中，然後再收集輸入患者體內。就醫學研究趨勢來看，週邊血幹細胞將來有可能多於或取代現行抽取骨髓移植的方式，但無論是抽骨髓或採週邊血的移植方式，都會在保護捐贈者的健康為前提下，選擇最佳的方式。」
2003年8月13日，慈濟骨髓幹細胞中心順利完成第一例非親屬間週邊血幹細胞捐贈，目前已和各地區醫院合作協助注射生長激素，將臺灣人的愛心緊密地串聯起來。骨髓移植病房的未來目標：「進行骨髓或是週邊血幹細胞移植外，也希望進行造血幹細胞的分離術，把癌細胞過濾、篩檢和清除掉，並進行造血幹細胞的體外擴增培養，甚至做體外轉移，往高科技的研究方向努力。
未來願景
而為維持營運，佛教慈濟基金會每年提供資助，提升臨床研究、臍帶血、骨髓配對水準及配對患者的醫療補助金，減輕患者家屬負擔。頂著慈濟骨髓幹細胞中心「建立符合國際水準的臍帶血庫」、「發展週邊血幹細胞移植」的未來願景。
我們相信未來在幹細胞研究的領域，會有更寬廣深入的發展與應用，為人類醫療帶來新的展望，更為身陷病苦的人帶來心的希望。同時我們也將在搶救生命的腳步上努力向前，點燃更多人間的美善與大愛。
（資料更新：2007年11月）